Perpustakaan SIKK berdiri bersamaan dengan berdirinya Sekolah Indonesia Kota Kinabalu. Hal tersebut tertuang dalam Surat Keputusan Mendiknas tahun 2008. Perpustakaan SIKK mulai mempunyai surat Keputusan berdiri pada tanggal …. Walaupun dibilang masih baru, tetapi segala kebutuhan bahan bacaan lengkap dan memenuhi persyaratan yang ditentukan dalam Undang-undang No. 43 tahun 2007 tentang Perpustakaan Sekolah.
Perpustakaan SIKK menempati luas tanah seluas 64.96 m2, dengan koleksi baca 4.365 eksemplar dan 3.637 judul buku. Di dalam perpustakaan yang baru ini terdapat ruangan khusus dan umum. Ruangan khusus untuk pencarian buku referensi sebagai pusat penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan peserta didik, sedangkan ruangan umum adalah bacaan koleksi buku, majalah, dan surat kabar. Selain itu, Perpustakaan SIKK pun dilengkapi dengan E-book dengan jumlah koleksi mencapai 7.438 eksemplar.
Berdasarkan Pasal 31 ayat (2), Pasal 32, dan Pasal 28F Undang- Undang Dasar Deklarasi Negara Republik Indonesia Tahun 1945, pemerintah perlu menyelenggarakan perpustakaan sebagai sarana yang paling demokratis untuk belajar sepanjang hayat demi memenuhi hak masyarakat untuk memperoleh informasi melalui layanan perpustakaan guna mencerdaskan kehidupan bangsa. Maka dari itu, perpustakaan SIKK berupaya meningkatkan pelayanannya melalui sistem pembukuan katalog OPAC yang bisa diakses melalui online.
Dengan kemajuan teknologi dan pengetahuan, perpustakaan SIKK selalu menambah koleksi buku dan memperluas jaringan internet sehingga bisa dinikmati oleh seluruh warga sekolah.